ワゴンのメリットは積載性がありつつも走行性能が優れているところです。
走りを重視するわけではありませんが、ミニバンは重心も高くなってどうしても安定性が落ちてしまうところがあります。
特に高速道路や峠道を頻繁に運転する身としては、安定感に欠けるのは少し怖いところがあり、その点ワゴンは安定感があるので安心して運転をすることができます。
特に不満を感じるほどのデメリットはありませんが、ときに帯に短し襷に長しという印象を持つことはあります。
走行性能があると言ってもセダンやクーペにはかないませんし、積載性もミニバンに負けてしまいます。
そのため、用途にあっていないと単なる器用貧乏になってしまうのがワゴンのデメリットではないでしょうか。